ฮนดะทำประตูชัยในนัดแรกของ ฟุตบอลโลก 2010 พบกับทีมชาติแคเมอรูน โดยทำประตูจากการเปิดของ Daisuke Matsui เข้าไปมุมซ้ายบนขอประตู ผลจากฟอร์มการเล่นนัดนี้ทำให้เขาได้รับเลือกเป็น Man of The Match โดย FIFA ในเกมส์สุดท้ายของรอบแบ่งกลุ่มกับทีมชาติเดนมาร์ก ฮนดะยิงฟรีคิกสุดสวยเข้าไปในนาทีที่ 17 ของการแข่งขันจากระยะ 30 หลา ก่อนที่จะเป็นผู้ช่วยให้ Shinji Okazaki ทำประตูในนาทีที่ 88 จบเกมส์ญี่ปุ่นชนะ 3-1 ทำให้เขาได้รับเลือกเป็น Man of the Match อีกครั้งและพาญี่ปุ่นเข้าสู่รอบที่ 2 ได้สำเร็จ